面對社會不斷的變遷，沿用十多年的組織架構已不能配合社會服務的發展，經過多年的研究和探討，終於在一九九九年六月二十一日頒布了新的組織法。本局再次重組內部架構，除調整原有的行政架構外，還把已試行多年又未能正規化的部門予以正式編制。并吸納了防治藥物依賴范疇的工作，使整體的運作架構更能發揮服務的效能，提高回應廣大市民需求的幅度和力度，更快更恰當地為市民解決個人、家庭和社區的問題，并增進其福祉。
這次改組，還強調家庭服務以及社會互助的功能，以達到「助民解困、共建新生」的總目標。故此，將原來專責提供直接服務的社會服務廳分成家庭暨社區服務廳和社會互助廳兩個廳級部門
。
家庭暨社區服務廳下設五個社會工作中心(原俗稱分區辦事處) 和一個專責家庭問題的家庭輔導辦公室(原稱家庭扶助辦公室)；而社會互助廳則下設有四個處: 兒童及青少年服務處(原稱兒童及青少年機構輔助組)、長者服務處(原稱老人機構輔助組)、復康服務處(原稱傷殘機構輔助組)和社會設施管理暨准照處(原稱牌照組并隸屬於研究暨計劃廳)。改組前，上述三個機構輔助組分散地寄居於本局的其他工作單位內，其職能在法律上又沒有明確訂定，導致工作的執行及開展頗為困難。
改組後，上述部門的運作得以正規化，除了在組織法內明確其職能外，同時也能集中於同一地方內辦公，這樣既有助資源的善用，亦加強了內部的溝通，服務效能也得以提高。
改組後的社工局，其領導層方面，除局長辦公室外，還設有一行政管理委員會，成員包括有：局長、副局長、行政暨財政廳廳長、研究暨計劃廳廳長和財政局代表。它的主要職能有：審議活動、投資及發展等計劃的建議書；審議預算及修改預算的建議書；就各建議書發表意見；跟進有關計劃的執行情況；就財政年度的管理帳目和財政、財產報告發表意見；核准法定限額內的開支及其他資源的運用；就社工局局長提交委員會審議的事宜發表意見。
根據六月二十一日第24/99/M號法令，局長以下設有五個廳級、八個處級及三個科級的主管單位。各單位的主要職能簡述如下：
社會互助廳：主要職責在於保謢和協助弱勢群體(包括兒童及青少年，老人及殘疾人士等)融入社區生活。為他們提供技術及物質援助，增強和發展他們的潛能。同時，也負責管理本局轄下的四所社會服務設施。社會互助廳的職務分別由四個處級單位來執行：
1.兒童及青少年服務處
- 為那些由於個人或家庭因素而陷於成長和生活不適應的兒童及青少年，提供相關的援助服務，保護和協助他們重回正常的成長軌道。主要的工作包括：評估問題兒童及青少年的援助服務；處理領養和法院個案工作；輔助及監管有關的社會服務設施的運作和發展；評估澳門兒童及青少年服務的活動開展方案及處理特別兒童及青少年個案工作等。
2.長者服務處
- 研究及發展澳門長者服務，使他們能保持與社會的聯系，并擁有一個豐盛的晚年。長者服務處為實現以上的目標將開展多項的工作，包括為那些陷於生活適應困難的長者，提供適當的援助和服務；處理長者個案工作；參與研究長者服務的新發展；輔助及監管有關的社會服務設施的運作和發展；對長者服務方案活動進行評估及發出頤老咭等。
3.復康服務處
- 為殘疾人士及其家庭提供合適的援助和服務，開展使他們更易融入社會的活動，發揮他們的自立能力。同時，通過不同的渠道，協調和發展殘疾人士服務。執行的職能有：研究和推行有關殘疾人士融入社會（包括生活、學習及工作）措施和服務，使他們能於康復後重新就業及重返社會；評估及執行殘疾人士援助和服務；處理有關的個案工作；推廣殘疾人士活動；輔助及監管有關的社會服務設施的運作和發展；特別關注殘疾兒童及青少年融入社會及其教育問題；編制和評估殘疾人士及長者的服務需求的清單，并與現存服務作比較。
4.社會設施管理暨准照處
- 主要負責社工局轄下的四個社會服務設施[1]的管理和運作并對有關社會服務設施發出准照和監管其運作。
家庭暨社區服務廳 : 主要職責是協助那些陷入困境的個人和家庭，促使其恢復應有的社會功能。同時亦以各種方式，推動澳門社區服務工作的發展。有關職能則由以下兩大單位負責執行:
1.社會工作中心
[2] - 為澳門各區市民提供直接服務，為陷於困境的個人或家庭提供一般性的社工服務。社工通過對申請者進行家庭、個人等社會及經濟狀況的跟進，尋求最合適的援助和服務。同時，亦會發展社區工作，健全社區與家庭及個人的整合功能。社會工作中心主要向市民提供以下的服務：
個案工作；
經濟援助； 24小時個案支援服務；膳食援助；對災難性事故提供即時的援助；難民援助以及社區資源管理與發展工作。同時，市民也可以透過中心申請社工局的其他服務，包括家務助理、頤老咭、院舍轉介服務等。
2.家庭輔導辦公室
- 主要協助那些陷於特殊困境的個人及家庭，如家庭暴力(虐妻、虐兒、虐老等)；嚴重情緒的(具自殺傾向的人士)個案等，提供跨學科的專業治療服務。服務項目包括：個案治療；24小時危機處理和法律諮詢等。
防治藥物依賴廳 ：主要職責在於負責計劃、統籌及執行預防藥物依賴及戒毒的工作。協調及協助其他公共或私人實體推行預防藥物依賴工作。向社會、公眾傳送有關預防藥物依賴及戒毒的訊息，并提供諮詢服務。構思和開展成功戒毒者重新融入社會的方案和計劃。研究和搜集有關資料，并參與地區、國際性的合作。分別設有的處級部門：
1.預防藥物濫用處
- 其主要工作是透過不同的預防方法向學校、家庭、社區推廣預防濫用藥物的教育活動；提供有關資訊的電話熱線等溝通途徑；管理運作一個以青少年為對象的「青年社區中心」，并協助青少年發展健康生活模式，遠離毒害。
2.戒毒復康處
- 設有戒毒門診中心及戒毒日間中心，向吸毒者提供自愿性戒毒復康服務。為吸毒者設立社會援助小組和庇護中心向他們提供緊急援助服務。同時，對本地區的藥物依賴情況和藥物依賴者的治療及社會重返的計劃進行評估和研究。并向民間戒毒機構提供專業技術援助。
研究暨計劃廳 ：主要職責在於協助領導層擬定社會工作及防治藥物依賴服務范圍的社會政策；開展各項研究工作，以促使原有服務的改善和探索新服務方案的需求；并制定準則規劃有關各項服務方案的發展；按運作實況的需要提出制定有關服務法規或規章草案，以利有關單位執行。另外，為強化及支援澳門社會福利服務的發展，更設立視聽中心和統籌有關社會工作人員或義工的培訓活動。
再者，為了加強社工局與民間福利機構的聯系，有利澳門社會福利服務的整體發展，還制作有關社會工作及預防吸毒的計劃的宣傳品及刊物，藉此推廣社工局的服務。
行政暨財政廳 ：主要職責在於負責人事、財政及物料資源的組織及管理。以及協調有關社工局的資源運用。同時，協調本局的資訊系統及工具的運作。
1.行政暨財政處
- 負責本局物料及人力資源的管理。對社工局的財政資源作適當的管理。制定本局的本身預算提案，以及執行有關的會計工作，并準備年度財政報告。
2.組織暨資訊處
- 為社工局運作的現代化和合理化提供相配合資訊服務及系統，并管理本局資訊設備的有效運作。
為解決歷史遺留下來有關澳門的主權問題，於一九八七年中葡雙方簽訂了《中葡聯合聲明》，澳門隨即進入過渡期。自此各政府部門都為澳門能順利過渡而努力地落實「三化」政策。
在公務員本地化的政策上，本局更是首個以華人擔任副局長一職的政府部門，而隨著本局於去年中的改組後，社工局領導層亦完全本地化，為政權移交作好準備。
去年十二月二十日澳門主權回歸中國後，本部門亦經歷了一系列的改變，例如，本局的名稱由社會工作司改為社會工作局，中文的使用率較以前為高，上級與下屬之間、同級之間或部門與部門之間的溝通也隨著領導層的本地化而不再存有語言上的障礙，減少了不少的翻譯工作，從而能更快捷地對市民的需要作出回應。
回顧本局的發展，我們的服務由初期的「救濟工作」發展到現在的「綜合性社會服務」，從簡單的支援民間服務，發展到與民間機構的緊密合作，推動和結合社會各方面的力量和資源，為市民提供多元化的福利服務，包括經濟援助，個案輔導工作，社區發展，公民教育的推廣，社會服務設施的規劃、服務活動的發展和監管，防治藥物依賴服務，澳門社會福利工作人員的培訓等等。面對將來，本局服務發展的路向，除了為市民提供以上的服務外，還會繼續關注日益嚴重的家庭及社區問題，加強社會網絡的整合功能，營造健康的社區及家庭環境，從而不斷地提升以廣大市民為依歸的服務質素，不但祈能「助民解困，共建新生」，并且能建立一個互相關懷，充滿人類愛的社區生活。
